Jabatan Oftalmologi merupakan salah sebuah jabatan di bawah organisasi perkhidmatan  klinikal hospital. Jabatan ini terletak di aras 2 Hospital Pengajar Unisza. Jabatan Oftalmologi  dinaungi oleh Pengarah Hospital, diikuti Timbalan Pengarah (Klinikal) dan diketuai oleh Ketua  Jabatan. Jabatan Oftalmologi merangkumi: 

1. Perkhidmatan Pesakit Dalam 
2. Perkhidmatan Pesakit Luar 
3. Perkhidmatan Pembedahan Elektif dan Kecemasan
4. Perkhidmatan Optometri

Jabatan Oftamologi menjalankan fungsi-fungsinya melalui 4 unit utama yang terdiri daripada Klinik Oftalmologi (aras 2), Wad Surgeri Perempuan (aras 3), Wad Surgeri Lelaki (aras 5) dan Unit Rawatan Jagaan Harian. Di samping itu, Jabatan Oftalmologi juga turut terlibat dalam pengajaran kepada prasiswazah Sarjana Perubatan dan Ijazah Kejururawatan.